Mateja Koležnik wurde in Metlika (Slowenien) geboren und studierte in Ljubljana Vergleichende Literaturwissenschaften und Philosophie sowie Regie an der Theaterakademie. Seit den 90er Jahren arbeitet sie als freischaffende Regisseurin an allen großen Theatern des ehemaligen Jugoslawiens, vorwiegend in Slowenien und Kroatien. Im deutschsprachigen Raum inszenierte sie 2012 erstmals in Chemnitz, 2014 erhielt sie eine Einladung ans Münchner Residenztheater, wo sie seither häufig arbeitet. Es folgten Inszenierungen am Stadttheater Klagenfurt, Theater in der Josefstadt, Theater Basel sowie am Berliner Ensemble. Im Dezember 2019 inszenierte sie "Der Henker" von Maria Lazar am Burgtheater Wien, gefolgt von ihrem Operndebut "Fidelio" von Ludwig van Beethoven bei den Festspielen Baden-Baden sowie im Rahmen der Opernfestspiele an der Bayerischen Staatsoper "Falstaff" von Giuseppe Verdi, beide unter der musikalischen Leitung von Kirill Petrenko.

Mateja Koležnik gewann zahlreiche Preise und Auszeichnungen, u.a. für ihre Inszenierung „Messer in Hennen" von David Harrower (SNG Drama Ljubljana) den Prešeren Award für die Beste Regie, sowie den Borštnik Award für Henrik Ibsens "John Gabriel Borkman" (SNG Maribor). Im Rahmen des Nestroy-Preises 2017 wurde sie für ihre Produktion "Die Wildente" (Theater in der Josefstadt) in gleich drei Kategorien nominiert, 2018 wurde die Inszenierung "Iwanow" (Theater in der Josefstadt) mit dem Nestroy-Preis in der Kategorie Beste Bundesländer-Aufführung ausgezeichnet.