Sandra Flubacher war Bankkauffrau, bevor sie in ihrer Geburtsstadt Zürich Schauspiel studierte. Nach dem Studium spielte sie zunächst in Köln, Frankfurt und Bonn. Später wechselte sie ins Ensemble des Thalia Theater (Intendanz Jürgen Flimm) und spielte dort u. a. in der Regie von Ruth Berghaus „Johanna Dark“  in Brechts „Die heilige Johanna der Schlachthöfe“, die Titelrolle in Lessings „Minna von Barnhelm“ (Regie Wolf-Dietrich Sprenger), „Natalja Ivanowna“ in Tschechows „Drei Schwestern“ von Jürgen Flimm. Während der Intendanz von Ulrich Khuon arbeitete sie u.a. mit der niederländischen Regisseurin Alice Zandwijk, sowie mit David Bösch, in dessen Regie sie „Sophie“ in Goethes „Clavigo“ spielte.  In der Regie von Andreas Kriegenburg war sie die „Marthe“ im „Urfaust“. Seit der Intendanz von Joachim Lux arbeitete sie u.a. mit den Regisseuren Bastian Kraft, Gernot Grünewald, Anne Lenk, Luk Perceval und Kornél Mundruczó.

Sandra Flubacher ist seit 1993 festes Ensemblemitglied des Thalia Theater.