Der gebürtige Lübecker studiert Schauspiel an der Hochschule für Musik und Theater Hannover und macht seine ersten Bühnenerfahrungen bereits während seines Studiums an den Theatern in Lübeck und Hannover. 2004 geht er zu Claus Peymann ans Berliner Ensemble und arbeitet dort vor allem mit den Regisseuren Claus Peymann, Thomas Langhoff, Manfred Karge und Philip Tiedemann. Er spielt unter anderem den Andri in Max Frischs "Andorra“ und den Tempelherr in Lessings "Nathan der Weise", sowie die Rolle des Andreas Kragler in Philip Tiedemanns Inszenierung "Trommeln in der Nacht" und den Len in Bonds "Gerettet".

Thomas Niehaus tritt nach seiner Zeit in Berlin ab der Spielzeit 2009/2010 am Thalia Theater sein zweites festes Engagement an. In der Spielzeit 12/13 ist er unter anderem in Luk Percevals Inszenierung des Fallada-Romans "Jeder stirbt für sich allein" in der Hauptrolle des Otto Quangel zu sehen. Außerdem engagiert er sich bei mehreren Programmreihen in der Spielstätte und Thalia Theaterbar Nachtasyl.